Structural, trunchiul cerebral este constituit din formatiuni cenusii si albe, omoloage celor medulare sau proprii fiecarui etaj. Substanta cenusie (corpurile neuronilor) este situata in interiorsi fragmentata in numerosi nuclei, separati prin substanta alba care apare si la periferie.

Functia reflexa a trunchiului cerebral se realizeaza prin centrii din substanta cenusie, la acest nivel inchizandu-se o serie de reflexe de importanta vitala.

In bulb: (acesta realizeaza legatura propriu-zisa cu meduva) reflexele secretorii si motorii digestive, respiratorii si adaptative cardiovasculare, precum si cel de deglutitie.

In punte: (puntea se observa mai bune in a doua imagine) reflexele salivar, lacrimal, respiratorii si cardiovasculare (reflexe vegetative), precum si masticator, de clipire si mimica (reflexe somatice).

In mezencefal: reflexele pupilar fotomotor si de acomodare la distanta (vegetative) relrexele statice si statochinetice, legate de mentinerea pozitiei corpului.

Functia de conducere se realizeaza prin substanta alba care conecteaza emisferele cerebrale cu maduva, si astfel cu tot corpul.